由于症状上的相似性，淋菌性肛门直肠炎需与一些相似疾病相鉴别，那么有哪些疾病与淋菌性肛门直肠炎相似呢？下面就来简单了解一下。
（一）非淋菌性尿道炎
虽亦有不洁性交史但潜伏期长（1～3周）症状轻微尿道分泌物量少呈浆液性或粘液脓性沙眼原体和解脲支原体为主要病原体少数可由阴道毛滴虫念珠菌或单纯疱疹病毒引起大肠杆菌见于男性同性恋的尿道炎患者淋球菌检查阴性。
（二）非特异性尿道炎
指与性病无关的细菌性尿道炎如继发于包茎的尿路感染或继发于尿道导管插入术和其他尿道器械操作引起的损伤后感染镜检常为革兰阳性球菌。
（三）Reiter综合征
主要症状发生次序为尿道炎结膜炎和关节炎发病与HLA-B 相关病因多为沙眼衣原体（性病型）肠道福氏痢疾杆菌（肠型）偶见于淋菌性尿道炎后发病者尚可伴发脓溢性皮肤角化症（掌跖多见）及环状龟头炎等皮肤粘膜损害。
以上三种疾病则是临床上常与淋菌性肛门直肠炎混淆的疾病，因此在做确诊检查时，医务工作人员需格外细心，患者同样也应将自己的病情毫无保留的告诉主治医生，为准确判断打下良好基础。