便秘原因较为复杂，为了明确便秘的原因，为诊断和治疗便秘提供可靠依据，有关便秘患者应及时到医院请有关专科医师作便秘相关检查。便秘的诊断必须按诊断学要求进行全面系统的体格检查。
一、一般检查
1、必须按诊断学要求进行全面系统的体格检查；多数便秘病人腹部体征无特殊，偶在结肠区内扪到粪块。
2、肛门直肠检查：要仔细观看肛门部，有无痔、裂、瘘等。直肠指诊：可查出直肠前突、直肠内套叠、耻骨直肠肌痉挛性收缩或肥大。也要检查肛管敏感性及发射性。
二、辅助检查
1、粪便检查：检查者应争取对病人一次排出的粪便作目测，粗略估计其重量，观察其物理性状；干硬、板栗状的粪块提示激惹综合征。另外，还应进行大便常规及隐血检查。
2、血生化检查：主要针对可导致便秘的内分泌、代谢性因素进行检查。近年来，胃肠道激素与便秘的关系引起了人们的注意，国外学者已做了一些工作，但结论尚未明确，国内这方面的工作还做得较少。
3、钡剂灌肠：这是诊断结肠器质性病变的主要方法之一，可发现冗长结肠、结肠增宽。
4、内镜检查：主要目的是排除肿瘤性病变。当疑有先天性巨结肠时一定要作活检，无神经节细胞是其特征。
5、结肠转动功能检查：系统用不透x线的标志物，口服后定时拍摄腹部平片，追踪标志物在结肠中运行的情况，是判断结肠内容物运行速度及受阻部位的一种方法。
6、肛肠动力学检查：利用压力测定装置，检查内外括约肌、盆底、直肠功能状态及它们之间的协调情况，对判断便秘与上述结构的功能失常是否有关有重要意义。
7、盆底肌电图检查：利用压力测定装置，检查盆底肌、耻骨直肠肌、外括约肌等横纹肌的功能状态，以及其支配神经的功能状态。
8、排粪造影检查：将钡剂注入直肠、结肠（有时还可口服钡剂以观察小肠）后，病人坐在易透X线的便器上，在病人排便的过程中，多次摄片或录像，以观察肛管、直肠的影像学改变。
9、结肠压力监测：将传感器放置到结肠内，在相对生理的情况下连续24~28小时监测结肠压力变化。对确定有无结肠无力，对治疗有指导意义。
10、气囊排出试验：在直肠内放置气囊，充气或充水，并令受试者将其排出。可作为有无排出障碍的筛选试验，对阳性的病人，需要作进一步检查。