慢性结肠炎起病缓慢，病程呈慢性，往往迁延多年，常有发作期与缓解期交替或持续性逐渐加重，偶呈急性暴发。慢性结肠炎症状主要有：慢性腹泻或便秘，双侧腹部及双侧下腹部的纯痛或隐痛，或腹胀，大便带粘液有些伴肠鸣。
以直肠炎症为主者可表现为少腹膀胱区的胀痛和尾骶部的坠胀，有时可能会误诊为泌尿系统感染、前列腺炎、盆腔炎等。
慢性结肠炎起病缓慢，可持续不缓解或活动与静止交替呈慢性反应。患者可出现便秘或泄泻症状，有排便次数增多、排便困难，便下大量粘液或带血，时有里急后重现象，伴随左下腹疼痛，呈隐隐作痛，体重下降，消瘦，精神不振。
在常规治疗用药后症状可得到缓解，症状减轻，停药后容易复发。慢性结肠炎还必须具备肠镜下黏膜充血、水肿的表现。