溃疡性结肠炎是一种局限于结肠粘膜及粘膜下层的炎症，以溃疡为主。一般炎症多会在乙状结肠和直肠，也可延伸至降结肠，甚至遍及整个结肠。发生在结肠的克隆氏病往往被误诊为溃疡性结肠炎，因为两者相似之处太多，如腹痛腹泻、脓血便，镜下见肠粘膜溃疡等，故克隆氏病与溃疡性结肠炎需要进行仔细的鉴别。鉴别要点如下：
1、腹痛部位和程度
发生在结肠的克隆氏病也多以右半结肠为主，另外，克隆氏病腹痛程度较重，腹部肿块比较常见，右侧腹部可以有固定的压痛点；而溃疡性结肠炎发病部位主要在直肠和左半结肠，常表现为左下腹隐痛，鲜有腹部肿块，多数患者腹部无明显的固定的压痛点。
2、局部并发症
克隆氏病的肛周并发症非常常见，以瘘管为主；而溃疡性结肠炎少有肛周病变。另外，克隆氏病很少见直肠出现；而溃疡性结肠炎几乎100%有直肠出血。
3、内镜下的表现
在纤维结肠镜下，克隆氏病的结肠病变呈节段性、跳跃性分布，在两段受累结肠之间的肠粘膜是正常的；另外，克隆氏病可见裂隙状溃疡和卵石征。溃疡性结肠炎的内镜特点是肠粘膜的糜烂，溃疡呈现无规律的弥散状分布，其溃疡极易发生接触性出血，无裂隙状溃疡和卵石征。