治疗溃疡性结肠炎的药物有很多种，下面就介绍下经常用到的药物。
一、西医西药治疗溃疡性结肠炎
首先来说，西医西药对溃疡性结肠炎的治疗只能是暂时缓解病情，而不能从根本上治愈溃疡性结肠炎，因此以下介绍的西药，在疾病急性发作期时可用于缓解症状。
1、4-氨基水杨酸（4-ASA）
又称PAS，系一抗结核药，以2g溶于100ml水中，每日保留灌肠1次，治疗8周有效率达83%。Ginsberg等报道4-ASA每日分次口服4g，经12周治疗，55%患者疗效良好。4-ASA对溃结治疗的机制尚不明。
2、柳氮磺胺吡啶（SASP）类
SASP治疗溃结已多年，口服4～6g/日，64%～77%患者疗效良药苦口好，症状缓解后以2g/日维持，至少1年，89%的患者可保持无症状。SASP用量大时疗效提高，但副作用亦增加。SASP到结肠后被肠内细菌偶氮还原酶裂解为5-氨基水杨酸（5-ASA）和磺胺吡啶，前者为有效治疗部分，后者为引起副作用因素。若仅服5-ASA因被上消化道吸收，无足量药物到达结肠，而难生疗效。近年研制了5-ASA口服新剂型如潘他沙（Pentase）、 Ascol、奥柳氮（Olsalazine）、 Poly-5-ASA、Balsalazide等，由于不含磺胺吡啶，副作用降低。近年不少学者注意到局部给药能减少副作用，如应用SASP或5-ASA肛栓或灌肠剂，局部药物浓度提高并维持时间较久，使疗效提高。尚有报告局部用药与全身治疗，有协同作用，可减少SASP口服量。其治疗机制与抑制白三烯、前列腺素等的产生，亦可抑制自由基等有反应，尚有皮疹、粒细胞减少、肝肾损害及胰腺炎等，其发生率与用量成正相关。
3、免疫抑制和免疫调节剂
当糖皮质激素治疗不佳或不能耐受其副作用时，可选用硫唑嘌呤、环磷酰胺、6-MP等；近年应用氨甲喋呤、环孢素-A（Cyclosporin-A）10mg/kg，有时获良好疗效，但这类药均有一定副作用应慎用。亦有报道应用青霉胺、左旋咪唑、干扰素、7S-γ球蛋白等，有一定疗效。
4、肾上腺皮质激素
能降低毛细血管通透性，稳定细胞及溶解体膜，调节免疫功能，减少巨噬细胞及中性白细胞进入炎症区。能阻滞白三烯、前列腺素、血栓素等形成，降低炎症反应，而使溃结临床症状迅速改善。一般活动性溃结口服的松40～60mg/日；病情重口服疗效不佳者，可静脉滴注琥珀酸氢化考的松200～300mg/日，或以琥珀酸氢化考的松100mg加入100ml液体中直肠滴注，优于保留灌肠。
糖皮质激素长期应用，易生副作用，故待症状好转后应渐减量，经2～3个月停药，对溃结缓解率约为55.7%～88.2%，长期持续应用糖皮质激素维持治疗，并不能防止复发。
5、灭滴灵
可抑制肠内厌氧菌、减轻溃结症状。另外，灭滴灵有影响白细胞趋化性及某些免疫抑制作用，对溃结有一定疗效。但用量大、用时较久，易生胃肠反应。
6、鱼油（Fish oil）
为白三烯合成抑制剂，口服鱼油辅助治疗轻、中度活动性溃结，可获临床改善。有报道在用糖皮质激素、SASP治疗的同时，辅以口服鱼油5.4g/日，可提高疗效。
7、抗感染药
对有并发感染者，应有针对性选用抗生素，但不宜作为常规用药，以免改变患者对SASP的疗效和反应。
8、色甘酸二钠
能稳定肥大细胞膜，阻止脱颗粒，抑制组织胺、5-羟色胺、慢反应物质等介质释放，减轻抗原-抗体反应对肠壁损伤。200mg/次，每日3次餐前服；或600mg保留灌肠，有报道与强的松 20mg疗效相似。
9、其他药物
①可乐定（Clonidine）有抑制肾素及一些神经介质释放作用，口服0.15～0.225mg/次，每日3次，对溃疡性结肠炎有疗效。
②钙通道阻滞剂如异搏定、硝苯吡啶，具有止泻、止痛和抑制分泌等作用。桂利嗪50mg，每日口服4次，亦有较好疗效。
③甲氰咪胍、雷尼替丁等H2受体阻滞剂，通过抑制肠壁肥大细胞释放组织胺，减少溃结便次等症状。
④氯喹可能减慢抗原反应，促使肠上皮细胞功能正常，可使溃结症减轻。此外，自由基清除剂超氧化物歧化酶、5-脂氧合酶抑制剂Zileuton(A-64077)、酮替芬（Ketotifen）等，均可使溃结症状缓解。
二、中医中药治疗溃疡性结肠炎
经络疏通法作为一项具有传统特色的医疗技术，疗效好、见效快，不口服，对肠道无刺激，对肝肾无副作用，从诊断准确率到治疗效果，即高于西医的内镜和静脉滴注，也优于中医的脉诊和口服药物。
经络疏通法治疗溃疡性结肠炎治愈率高达96%以上，有效率可达100%。