腹泻，腹痛（尤其是慢性）及腹块这些都是克隆病的典型症状，本病与溃疡性结肠炎由于症状上的相似有时很难鉴别，近年来统计在IBD病例的病理切片中亦有5%～10%病例尚难确定诊断，应用逆行灌洗结肠超声检查，有89%克隆病能与溃结相鉴别，克隆病也不能单纯根据有无肉芽肿而作出诊断。
在此特列出克隆病的主要症状表现，以帮助患者认识克隆病，区分其跟其他相似疾病：
一、腹泻
这是克隆病的一个常见症状，约占患者的70%-90%，粪便成糊状，每日便次为2-6次，常无脓血及粘液，病变位于结肠远端。
二、腹痛
大约有50%-90%的克隆病患者有这个症状，多位于右下腹或 脐周，一般为中等度疼痛，呈痉挛性，与末端回肠病变有关。餐后腹痛与胃肠反射有关，肠粘膜下炎症刺激痛觉感受器，使肌层收缩，肠壁被牵拉而剧痛。浆膜受累、肠周围脓肿、肠粘连和肠梗阻、肠穿孔和急性腹膜炎以及中毒性巨结肠等均能导致腹痛，以急性阑尾克隆病为首发症状的仅占1.8%，但克隆病病程中出现般急性阑尾炎的可达14%～50%。
三、腹块
约33%的患者会出现腹块，以右下腹和脐周多见。由于肠壁或肠系膜增厚、肠粘连、肠系膜淋巴结肿大，内瘘或局部脓肿形成，故常可于右下腹扪及包块，比较固定，边缘不很清楚，有压痛。
四、发热
此症状大约占全部患者的5%-40%,活动性肠道炎症及组织破坏后毒素的吸收等均能引起发热，一般为中等度热或低热，常间歇出现。急性重症病例或伴有化脓性并发症时，多可出现高热、寒战等毒血症状。
五、瘘管形成 为克隆病的特征性体征
六、便血 与溃疡性结肠炎相比，便血者相对较少，且量一般不多。
七、肛门直肠周围病变
八、肠外表现 部分病人有鹅口疮性口炎、结节性红斑、杵状指、皮肤溃疡、关节炎和肝肿大等。
九、其他表现 有恶心、呕吐、乏力、纳差、贫血、消瘦、低蛋白血症等营养障碍。