治疗克隆病的支持疗法和对症治疗十分重要。目前主要的克隆病的治疗方法有水杨酸偶氮磺胺吡啶和5-氨基水杨酸 、肾上腺皮质激素、免疫抑制剂、手术、经络疏通法。克隆病的治疗疗程也是比较漫长的，需要克隆病患者在治疗同时注意饮食的调理。
1、水杨酸偶氮磺胺吡啶(sulfasalazine，SASP)和5-氨基水杨酸(5-ASA) 适用于慢性期和轻、中度活动期病人。SASP在结肠内由细菌分解为5-ASA与磺胺吡啶。后者能引起胃肠道症状和白细胞减少、皮疹和精液异常而导致不育等不良反应;而前者则是SASP的有效成份，主要是通过抑制前列腺素合成而减轻其炎症。
2、肾上腺皮质激素 皮质激素的作用为稳定溶酶体酶，减少毛细血管通透性，抑制化学趋向性及吞噬作用，并能影响细胞介质的免疫反应。常用于重症或暴发型患者。
3、其他药物 对磺胺药或肾上腺皮质激素治疗无效者，可改用或加用其它免疫抑制剂。
4、外科手术 半数病例早晚需作外科手术切除病变肠段。5～10年内有部分病例可能仍宜再次手术。
紧急手术指征：①急性小肠梗阻;②并发中毒性巨结肠，保守治疗无效者;③急性阑尾炎不能排除者;④急性肠穿孔和严重肠出血，保守治疗无效者;⑤肠内感染灶用抗生素不能控制者。
择期手术指征：①内科治疗效果不佳，仍有肠梗阻而持续腹痛者，或一般情况未见改善者;②有严重药物不良反应;③合并瘘管、严重肛门周围病变或腹内严重化脓性病灶者;④疑有癌变者。
手术方式：①单纯病灶切除;②直肠、结肠或次全结肠切除术;③回肠造瘘术。