治疗克隆病的手术方式有多种，可以是一段小肠切除；多段小肠切除；末段回肠及盲肠切除；末段回肠及右半结肠切除；结肠大部或全部切除；结肠全部及直肠切除。具体的克隆病手术治疗方案要根据病变范围而定。
对于结肠已被累及的克隆病，如果直肠粘膜肉眼所见较正常且无明显肛管肛周感染时，可以考虑切除末端回肠及全部结肠后保留直肠，做回肠直肠吻合术。做此手术，约1／3病人迟早因克隆病复发而需要再次手术切除直肠。如果仅做部分结肠切除而不是全结肠切除，复发率则会更高。
对于小肠克隆病慢性穿孔后的腹腔脓肿，除切开引流外，尚需考虑同时做捷径手术。
对于腹壁肠瘘，应争取切除，切除有困难时，做捷径手术。
小肠克隆病并发肠梗阻时，切除病变肠段后行对端吻合，切除范围应争取包括远近侧正常肠管5-10cm。对小肠多发病灶，如病变肠段比较邻近可以整段切除，否则应分段切除，以保留足够的小肠避免术后发生短肠综合征。一般认为保留的正常小肠不少于1.5m，即可保证经口营养基本正常。如果小肠病变范围较广，为了保留较多小肠，不必也不需要将肉眼可见的病变肠段全部切除，切除可只限于狭窄明显的肠段。
克隆病所引起的肛管、肛周感染及肛瘘和并存于克隆病病人的一般性肛管、肛周感染应予以区别，后者可在病人情况稳定时，按肛部疾病的治疗原则行手术处理，效果与无克隆病者同。而前者经局部手术后，常形成慢性顽固性溃疡，疼痛重，分泌多，病人十分痛苦，很难处理。因此对克隆病引起的肛部并发症，仅限于做必要的、很简单的小范围切开以改善引流，避免做较复杂的手术。如果肛管、肛周感染严重，已形成直肠阴道瘘等并发症，或已严重损害肛括约肌功能，致使大便失禁，则需要考虑做结肠直肠切除或旷置手术。
末段回肠克隆病，常因误诊为阑尾炎而进行手术，术中发现为回肠克隆病。遇有此种情况时，应否切除阑尾，需视具体情况而定。如果盲肠肉眼所见属正常，切除阑尾后发生残端瘘的可能性不大。如果盲肠、末段回肠病变明显，切除阑尾后容易发生残端瘘，则不应轻易决定切除阑尾，也不要轻易决定切除末段回肠。局限于阑尾的克隆病极少见，但可以有此种情况，切除阑尾后，预后极佳，很少复发。
与溃疡性结肠炎不同，克隆病并不是手术所能治愈的，即使切除全部病变肠段，也不能肯定防止复发。切除肠段时，系膜肿大淋巴结也不需要争取将其完全切除，以免为此而伤及邻近保留肠管的系膜血管。
实际上，克隆病手术后复发是很多见的，因此除非已引起需要手术解决的并发症外，应避免对克隆病采用手术治疗。长期慢性克隆病，虽久治不愈，也不是手术的适应征。
对于克隆病可以考虑采用中医中药治疗，效果要比手术好的多。