克隆病手术治疗虽然是切除了病变肠段，但其复发率很高，目前并不是有效的治疗方法，中医中药治疗克隆病目前治疗该疾病的有效方法，愈后复发率低。
克隆病的手术适应症主要是针对并发症。现对克隆病的手术适应症作如下探讨：
1、有瘘管、窦道或肠壁脓肿者也有较强的手术适应症，应尽可能的切除病变肠段。
2、本病并发癌肿也应及时手术治疗。
3、自发性肠穿孔，这一并发症虽不算太多，但一旦出现，应立即手术，切除有病变的肠段。
4、重度的肠道外合并症，如关节病、疼痛明显的顽固性肛周、肛管感染等
5、对肠梗阻要区别功能性痉挛还是机械性梗阻，后者有手术适应症；本病容易有多发性肠狭窄，而临床方法有时不易发现狭窄段或未能发现所有狭窄段，致使用使手术和手术范围的确定有一定的困难。
6、内科治疗难以凑效者属于手术的相对适应症，要慎重从事。对于病变局限于大肠者，有人主张手术治疗。