化疗是临床上治疗结肠癌的常用治疗方法，但是对于化疗大家都清楚，带给患者身体的伤害是十分明显的，因此制定结肠癌化疗方案是很关键的。
结肠癌的化疗方案一般是一年～一年半内可使用2～3个疗程，化疗常用的药物主要是5-氟脲嘧啶（5-fu），也可联合应用丝裂霉素、环磷酰胺等，结肠癌的化疗方案中5-氟脲嘧啶在每个疗程总量可用7～10克。可口服或静脉给药，最好加入葡萄糖液中滴注，每次250毫克，每日或隔日一次。如果反应较大如恶心、食欲减退、无力、白细胞和血小板计数下降等，可减少每次用量，或加大间隔期。骨髓抑制明显时可及时停药。口服法胃肠道反应比静脉给药大，但骨髓抑制反应轻。
在用药期间必须注意支持治疗，并用减少副作用的药物。癌肿未能切除的病人行化疗，有一定减轻症状控制肿瘤生长的作用，但效果较差，维持时间短，如病人一般情况差时，副作用显著，反而加重病情，不宜应用。
结肠癌成为危害人类健康的一大害，目前来说还是通过结肠癌的早期症状及早发现病患，早期积极治疗，这样预后较好。