经过了解我们知道了，精神因素也是导致肠易激综合症的病因之一，那么为什么精神因素会导致肠易激综合症的产生呢？
所有的人都经过强烈的情感波动，而强烈的情感波动可以引起体内器官的反应。如：严重的打击会使人虚弱，使人心跳加速；愤怒使人面部充血而脸红，也可使人面色苍白和不由自主的颤抖；精神焦虑让人感觉混身发热；一些令人不愉快或令人惊恐的情形可以使人呕吐或大便失禁。这些例子都是情感反应的躯体化表现，是我们无法抑制的内脏反应。有些研究者用肠镜和肠内测压进行过实验，结果发现恐惧会使肠道下段麻痹，而愤怒会使其活动过于激烈。
日常生活中有很多例子可以证实这一点。学生在考试前，运动员在比赛前，求职者在面试前都会有腹泻的倾向。这就是长期反复的情感波动引起肠易激综合症的最常见例子。
所有的胃肠道活动都在我们的意识之外，至少不能被大脑直接控制或有意控制。如果有人想命令自己的胃肠停止活动，是绝不能想象的。也就是说胃肠活动是自主进行的，它们除了由自主神经系统－交感神经和副交感神经控制外，还由另一部分神经系统来管理。这部分神经系统就是嵌在肠壁中的神经网络－肠神经系统。自主神经系统与肠神经系统协调一致共同完成对胃肠运动的管理，而肠神经系统的功能比自主神经的功能更重要。
不管是肠神经系统存在问题还是由于情感因素或食物因素都可以引起肠运动障碍。肠易激综合症的肠运动障碍常表现于大肠。病人可以出现小肠运动过速或减弱；也可以出现大肠运动过强甚至痉挛。因而临床上可表现为腹痛、腹泻、便秘；或腹泻与便秘交替出现。这就是病人时而便秘，时而腹泻的原因。