由于症状上的相似，某些疾病与肠易激综合症有时会被混淆，这就给治疗带来了困难，有时不仅起不到任何作用，反而会伤害患者身体，给患者带来沉重的灾难。
那么与肠易激综合症易混淆的疾病有哪些呢？
1、慢性结肠炎：经常伴有腹痛腹泻，但以粘液血便为主，结肠镜检查所见结肠粘膜充血水肿糜烂或溃疡。
2、吸收不良综合征：本征常有腹泻，但大便常规可见脂肪和未消化食物
3、慢性痢疾：腹泻以脓血便为主，粪便常规可见大量脓血球或见痢疾杆菌，大便培养可见痢疾杆菌生长
4、肠结核：有腹痛腹泻，粪便中可有脓血并有全身中毒症状：如消瘦低热等或有其他结核病灶
5、克隆病：常有贫血发热虚弱等全身症状，肠镜检查见“线性溃疡”或肠粘膜呈“铺路石样”改变
6、肠肿瘤：可有腹泻，但以陈旧性血便为，主肠镜及X线钡灌肠及直肠指诊可有阳性体征
7、其他疾病：如消化性溃疡肝胆系统疾病等
在此特别提出，有些患者是由于长期服用泻药或者滥用泻药导致的疾病，因此患者要详细采集病史以防误诊，耽误最佳治疗时机。